■書籍
会社には色々な種類があり登記の方法にもバリエーションがあるので、すべての説明の中から自分のケースに該当する説明を見つけるのがそもそも大変です。書籍の中には特定のケースに絞って手続きの一部始終が説明されているものがあるので、こういうものに頼ってしまった方が楽だと思います。いい本を見つければ、たぶん説明通りにやれば問題なく登記できるのではないでしょうか。
私の場合は、すでに起業している友人から、以下の2冊を貸してもらいました。出版時期が少し前だったので最新版ではありませんでしたが、基本的にこれらの本に従って作業を進め、一部情報が古い部分は別の情報ソースで補いました。
作成する書類のテンプレートは法務局のWebサイトでも入手できますが、この手の書籍も出版社のWebサイトでテンプレートを配布していることが多いようです。書籍内の説明と連動しているので便利です。
■法務省のWebサイト
会社設立登記を扱うのは法務省だそうです。定款の認証は公証役場、登記は法務局という役所で行うわけですが、いずれも特にオンライン申請について調べていくと、法務省にたどり着きます。
登記・供託オンライン申請システム 登記ネット 供託ネット
http://www.touki-kyoutaku-net.moj.go.jp/index.html
厳密に言うと、法務省のオンライン申請システムのWebサイトです。
色々調べてみると、以前はこのサイト上から会社設立登記のオンライン申請ができたようなのですが、今は専用のソフトをダウンロードして行います（今も手続きによってはWebページ上でできるものもあるようです）。
ということで、今は、必要なソフトのダウンロードや申請方法に関する情報を入手するための場ということになります。
会社設立登記に関する総元締めのサイトですから、一応最新の情報があると思っていいでしょう。
ただし、法務省管轄の全てのオンライン申請情報が網羅的に取り扱われているので、自分の欲しい情報だけを見つけ出すのが大変です。説明のわかりやすさという点もイマイチ。私の場合、オンライン申請に専用のソフトが必要だと理解できたのはこのページを見始めて結構経ってからでしたし、登記はわかるけど供託はわからなかったし（今もわかりません）、定款の認証の説明がこのページの中にあることもずいぶん後になって知ったし（実は「電子公証手続」の「電磁的記録の認証の嘱託」なのですが、「定款」の"て"の字も載っていないので）、さながら謎解きゲームのようです（^^;）。
とはいえ、オンライン申請に関してはここを避けて通れないし、実際ここでしか得られなかった情報もありました。
■法務局のWebサイト
会社設立登記は法務局という役所で行います。
法務局ホームページ
http://houmukyoku.moj.go.jp/homu/static/
ここでは、登記のやり方に関しての情報が入手できる他、登記に必要な書類のフォーマット（Word、PDFの他、一太郎形式も完備 ^^;）、書類の記入例などがダウンロードできます。
このサイトにもオンライン申請の情報がありますが、結局法務省のサイトに誘導されるようです。
また、申請する法務局は会社の本店所在地を管轄する出張所で、選択の自由度はありません。自分がどこの出張所に申請すればいいのか、ここで調べられます。
■日本公証人連合会のWebサイト
登記に必要な書類の一つである定款は、公証役場の公証人という人に認証してもらう必要があります。公証役場の情報は、日本公証人連合会のWebサイトにあります。
日本公証人連合会
http://www.koshonin.gr.jp/index2.html
定款を認証してもらう公証役場については、会社の本店所在地がある都道府県内であればどこでもいいそうです。ただし電子公証の場合は、法務大臣によって特に指定された指定公証人に限られるそうなので、必然的に指定公証人がいる公証役場を選択する必要があります。それらの情報は、このサイトで調べられます。
また、定款の記載事例や電子公証についての情報もここで入手できます。
■その他ネット上の情報
一般的には、登記手続きは行政書士や司法書士に代行してもらうものらしいので、こういった事務所のWebサイトなどで断片的な情報が見つかるケースがあります。
また、オンライン申請についてはこれらの専門家にとっても勉強が必要らしく、以下の専門家のための作業手順説明サイトは、かなり参考になりました。ただ、一部使用しているソフトや電子署名に使用するICカードなどは専門家が使うものと一般向けのものは異なるようで、一部読み替えが必要でした。
オンライン申請入門
http://rsmay.com/menu.html
ごくまれに、個人で体験談を載せているブログなどがありました。以下のサイトは、手順の理解という点でも、とにかく面倒なオンライン申請をやり遂げるモチベーションの点でもたいへん助かりました。ただし情報がやや古く、一部読み替えが必要でした。
中道左派で行こう
http://www.center-left.com/blog/archives/cat15/
■法務局
実際に登記を行う法務局には無料の相談窓口があり、私の場合は登記の前に2回ほど相談にのってもらいました。
1回目は必要な申請書類をもらうため。私が読んだ書籍では法務局にもらいに行きなさいと書かれていたのでそれに従ったのですが、実は全ての書類は法務局のWebサイトからダウンロードできるそうです。
2回目は、書類をひと通り仮作成した状態で、その内容をチェックしてもらうため。この時、定款の内容、特に「目的」部分が問題ないこと、参考にした書類に書かれていた書類だけでは足りないことが明らかになったので、相談した価値はあったと思います。
ただ、相談される側もいきなり「会社を作りたいのですが…」と言われても困るでしょうから、ある程度は予習をして、自分が何を知りたいか明確にしておいた方がよさそうです。
さらに、オンライン申請の添付書類について電話で質問して教えてもらいました。ただ、電話での相談は行なっていないとどこかで読んだような記憶があるので、あまり踏み込んだ話なら直接出向かないとダメなのかもしれません。
■公証役場
定款を認証してもらう公証人がいる役所ですが、事前に相談したりできるようです。
定款は"会社の憲法"と言われるそうで、その会社がどのような会社なのかが書かれたものです。どのような会社にすべきかはもちろんこちらが考えるべきことなので、公証人に相談できるのは、その定款が認証可能な条件（例えば必要事項が記載されているか、正しい形式で記述されているか、など）を満たしているか、という観点になると思います。
特に、電子公証の場合は事前連絡が必須のようです。というのは、紙の定款の場合は認証のために提出した後で記述に問題が見つかった場合、手書きで修正して修正印を押せば認証できるのですが、電子署名した電子定款は修正できないのです。その場合は、元のデータを修正し電子署名を付けて再度送信し直すことになるようです。
私の場合は、電子公証の前に電話連絡して、FAXで定款の原稿を送付、内容をチェックしてもらいました。
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